Hverjum nemanda er frá upphafi skipaðir tveir leiðbeinendur: NMÍ-leiðbeinandi og fagleiðbeinandi. Fagleiðbeinandi er að jafnaði um leið akademískur leiðbeinandi. Hægt er að skipta út leiðbeinanda ef eðli nýsköpunarverkefnis breytist. Nemandinn gerir ásamt leiðbeinendum og kennslustjóra Háskólaseturs námsáætlun, sem tekur mið af fyrri menntun og nýsköpunarhugmynd. Á sama tíma þarf námsáætlun að tryggja að hæfniviðmiðum sé fullnægt. Kennslustjóri Háskólaseturs heldur utan um námsáætlun og tryggir, að henni sé fylgt eftir. Meistaranámsnefnd þarf að samþykkja námsáætlanir og breytingar frá þeim.